Nahe der als Grafensitz errichteten Burg, entwickelte sich Apolda als Burgsiedlung. Bereits im 12. Jahrhundert existierte der Marktplatz dieser Siedlung und war zentrale Stelle des Warenaustauschs am Ort.

Nach Erhalt des Stadtrechts im 13. Jahrhundert wurde mitten auf dem Marktplatz ein Rathaus errichtet. Die Stadt verfügte über wenig Mittel, daher konnte nur ein kleines Rathaus errichtet werden.

Das "Rote Buch" als erstmals schriftlich fixiertes Stadtrecht berücksichtigte die Interessen der Stadtbürger, spiegelte aber auch die weiter bestehende Abhängigkeit von den Vitzthums wider.

Während der Jahrmärkte wurden auch im Rathaus Waren feilgeboten. 1507 wurde die Stadt mitsamt dem Rathaus durch Christoph von Vitzthum gegen ein Darlehen von 600 Gulden an das Heusdorfer Kloster verpfändet. Einige Jahre später genügte das Rathaus nicht mehr den Erfordernissen.

An der Oberseite des Marktes wurde ein neuer Rathausbau errichtet, während das alte Rathaus inmitten des Marktplatzes abgerissen wurde. Für den Neubau mussten zwei Höfe am Markt weichen, die von der Stadt für 300 Gulden erworben wurden. Durch den Abriss des alten Rathauses wurde eine Vergrößerung des Marktplatzes erreicht, so dass günstigere Bedingungen für das Marktleben bestanden.

Nach einjähriger Bauzeit war das neue Rathaus bereits bezugsfertig. Die Baukosten beliefen sich auf rund 3.000 Gulden. Noch 1573 hatte die Stadt rund 800 Gulden zu verzinsen.

Seit 1667 war im Rathaus die Ratswaage aufgestellt, die für Kauf und Verkauf auf dem Markt große Bedeutung hatte.

Nach 110 Jahre erhielt das neue Rathaus einen stattlichen Turm, in dem die Turmuhr und die Glocken ihren Platz fanden.

Vom Stadtbrand am 6. Januar 1673 wurde das Rathaus schwer betroffen, so dass der Neuaufbau erforderlich wurde. Neben dem Rathaus fielen dem Stadtbrand 43 Häuser, 26 Scheunen und 46 Ställe zum Opfer. Bereits am 4. Juni 1674 war das Rathaus wieder aufgebaut und bezugsfertig. Die Kosten der Wiederherstellung beliefen sich auf 1435 Taler. Der Renaissancebau weist eine Grundfläche von 22,70 x 14,20 m auf und hat im Kellergeschoss 1,50 m starke Wände. Das Gebäude erreicht eine Höhe von 17,20 m bis zum Dachfirst und 31 m bis zur Turmspitze.

Seit Juli wachte auf dem Rathausturm der "Türmer", vor allem, um bei Ausbruch eines Feuers die schnelle Benachrichtigung des Bürgermeisters zu gewährleisten. Der Türmer hatte seine Wohnung im Rathausturm zwischen dem Geläut und der Uhr. Um sein geringes Jahresgehalt aufzubessern, bekleidete er neben-bei auch das Amt des Stadtmusikanten.

Im Rathaus befand sich außerdem im Obergeschoss der Ratstanzsaal. Weiterhin waren eine Wachstube und im Turm ein Gefängnis untergebracht.

Das Justizamt von Niederroßla wurde nach Apolda verlegt und man richtete die benötigten Räume für diese Behörde im Obergeschoss des Rathauses ein.

Zur Erweiterung des Rathausbaus wurde ein Privatgrundstück in der Schleiergasse angekauft. In diesem Gebäudeteil wurde die Sparkasse untergebracht.

Nach mehr als 300-jährigen Bestehen wurde der Ratskeller für immer geschlossen. Lange Zeit war der Ratskeller privilegiert; andere Schankwirtschaften waren in der Stadt nicht zugelassen. Später entsprach er nicht mehr den Anforderungen und rentierte sich nicht mehr, da schon mehrere Lokale in der Nachbarschaft eröffnet hatten.

Der Rathausturm erhielt eine neue Uhr mit Achttagelaufwerk und Viertelstundenschlagwerk. Durch Witterungseinflüsse war die alte Uhr unbrauchbar geworden.

In der Apoldaer Glockengießerei Schilling wurde für den Rathausturm eine neue Bronzeglocke gegossen. Die im Jahre 1667 von Bergner in Weimar gegossene Bronzeglocke, musste 1917, wie viele andere Glocken auch, für 297 Mark an die Metallsammelstelle abgegeben werden. Als Ersatz erhielt der Rathausturm vorübergehend die Stahlglocke der Niedermühle.

Im Zuge der Rathauserweiterung wurde das Haus Markt 2 in städtische Nutzung genommen und durch einen Übergang mit dem Rathaus verbunden.

Das Rathaus wurde mehrfach einer umfassenden Renovierung unterzogen. Die Uhr erhielt ein neues Ziffernblatt, der Turmbalkon wurde erneuert, die Treppe am Turmeingang repariert, neue Fensterbänke eingesetzt und auf der rechten Turmseite wurde das Stadtwappen in modernisierter Form eingesetzt. Die Außenfassade des Rathauses wurde abgeputzt. Dabei erhielt auch das Grundstück Markt 3 eine Begrenzungsmauer zum Markt hin. Das Haus Markt 3 wurde Ende der 50er Jahre abgerissen, das Grundstück eingeebnet und diente für das Ratspersonal als Parkplatz.

Im November 1998 begannen die Rekonstruktionsbauarbeiten am historischen Rathaus. In der oberen Etage wurden nur geringfügige Änderungen vorgenommen. Im Erdgeschoss wurde, anlehnend an historische Aufnahmen, der Haupteingang zum Rathaus an den rechten Gebäudeflügel verlegt.

Bei der Rekonstruktion gefundene, historische Details, wie z. B. ein Mauerbogen im Obergeschoss oder ein Renaissance-Portal, werden erhalten.

Der Anbau in der Schleiergasse wurde umfassend modernisiert. Die rekonstruierten Fassaden lassen erkennen, dass es sich eigentlich um zwei Gebäude handelt, die funktional miteinander verbunden wurden.

Aus Anlass der kampflosen Übergabe Apoldas an die 76. Infanteriedivision der 3. US-Armee am 12. April 1945 wurde eine Gedenktafel im Foyer des Rathauses während einer Feierstunde enthüllt.

Das zweigeschossige Hofgebäude des Rathauses wurde ebenfalls einer umfassenden Sanierung unterzogen. Ende des Jahres erfolgte eine Umgestaltung der Eingangshalle. Eine große Glaswand trennt nun den Raum und beherbergt im hinteren Bereich die Tourist - Information Apolda.

Ein Zeitdokument der besonderen Art befindet sich seit dem 11. November 2003 im Foyer des Rathauses. Ein überdimensionales Buch - handgeschrieben und -gezeichnet - stellt auf 16 Seiten eine wirtschaftliche Momentaufnahme des Jahres 2003 dar. Neben Informationen zur Geschichte der Stadt sind überwiegend ortsansässige Betriebe darin verewigt.

In achtmonatiger Bauzeit wurde der Marktplatz grundhaft mit Fördermitteln des "Europäischen Fonds für regionale Entwicklung" und über die Städtebauförderung des Bundes und Landes Thüringen komplett saniert und umgestaltet. In der ersten Bauphase wurden im äußeren Ring des Platzes Oberflächenbeläge abgerissen und entsorgt, die Ver- und Entsorgungsleitungen für Wasser und Abwasser verlegt, Hausanschlüsse sowie Telekom- und Energie-Leitungen umverlegt bzw. erneuert.

Der Platz erhielt ein neues Kanalnetz für die Oberflächenentwässerung. Die zweite Bauphase ging in den Innenbereich des Marktes über. Die fünf versenkbaren Elektranten für die spätere Versorgung des Marktes bei Veranstaltungen mit Strom und Wasser wurden eingebaut, der schlechte Untergrund erhielt einen neuen Aufbau aus Schotter, Vlies und Asphalt. Er dient nun den Bürgerinnen und Bürgern sowie Gästen der Glockenstadt als neuer Aufenthaltsort im Herzen der Stadt.